Важным направлением становления рыночной банковской системы в стране явилось открытие коммерческих банков в свободных экономических зонах (СЭЗ). В Беларуси был установлен льготный режим создания и регулирования деятельности банков в СЭЗ. В соответствии с этим норматив минимального уставного фонда установлен в 500 тысяч евро – в 10 раз меньше, чем для банков, действовавших на остальной территорий Беларуси. В СЭЗ «Минск» за 2001 и 2002 гг. было создано 3 коммерческих банка: ОАО «Международный резервный банк», ЗАО «Атом-банк» и ЗАО «Северный инвестиционный банк». В марте 2003 года В СЭЗ «Минск» появился ОАО «Международный банк экономического сотрудничества» с участием Черногории, а в СЭЗ «Гомель-Ратон» - ОАО «Акционерный коммерческий банк «Ратон» с белорусским и иностранным (США) капиталом. Создаваемые в СЭЗ банки не ставят своей главной задачей привлечение вкладов населения, а сосредоточены на инвестировании и обслуживании финансовых потоков зоны.
Вместе с тем продолжалась и концентрация банковского капитала, проявлявшаяся в форме слияния некоторых белорусских банков. Так, в мае 2001 года Нацбанк дал согласие на слияние «Белбизнесбанка» и «Белорусского банка развития» и образование новой банковской структуры «Белинвестбанк». В том же году «Белкоопбанк» был присоединен к ОАО «Белвнешэкономбанку». Не обошлось без банкротств: несостоятельными оказались белорусско-латвийский банк «Белбалтия», «Белкомбанк».
Несмотря на это, если на 1 октября 2001 года в Беларуси в нормальном режиме функционировало 25 банков, то в сентябре 2003 года – 29 банков с 477 филиалами, из них 24 банка с участием иностранных инвесторов, которым в целом принадлежит 11.1 % уставного фонда банковской системы. При этом российскому капиталу принадлежало также 12 представительств иностранных банков: России – 5, Литвы – 1, Германии – 1, Польши – 1. В этих банках работало около 44 тысяч человек. На 1 октября 2004 года в республике действовал уже 31 банк.
Положительной тенденцией развития национальной кредитной системы явилось появление в республике небанковского финансово-кредитного учреждения – первого кредитного союза граждан. В 2002 году в рамках проекта Программы развития ООН «Активизация предпринимательской деятельности через развитие партнерства государства и частного сектора» в Минске действовал кредитный союз – потребительский кооператив «Общего взаимного кредитования субъектов малого предпринимательства «Стольный». Создание подобных финансовых институтов открыло постановление Совета Министров Республики Беларусь от 21 декабря 1999 года. «Об обществах взаимного кредитования субъектов малого предпринимательства».
Взаимокредитное общество «Стольный» - некоммерческая организация. Его задача – аккумулирование временно свободных средств предпринимателей, обеспечение займами нуждающихся в них членов кооператива, оказание информационной помощи. К концу 2002 года «Стольный» выдал 21 кредит на сумму 10 тысяч долларов, а в 2003 году сумма выданных краткосрочных кредитов выросла до 12 тысяч долларов. К началу 2004 года этот потребительский кооператив объединял 25 представителей малого бизнеса – индивидуальных предпринимателей, фермеров, малые и средние предприятия Минска и Минской области. Перечислив в кооператив паевые взносы в размере 300 евро, его участники получали возможность брать небольшие ссуды для становления и поддержания деятельности малых предприятий.