Специализированные программные комплексы предоставляют пользователям множество преимуществ, но они достаточно дороги и часто сложны в эксплуатации, настройке и обслуживании. Таким образом, каждый банк должен решить достаточно сложную проблему выбора между этими двумя типами программ для оптимальной автоматизации аналитической службы, следуя принципу рациональности, т.е. выгода от внедрения специализированной программы должна в перспективе быть ниже затрат на ее внедрение. Перспективы развития анализа финансового состояния коммерческого банка связываются с развитием методик анализа, автоматизацией, переходом молдавских банков на международные стандарты финансовой отчетности, повышением прозрачности кредитных организаций, развитием и укреплением банковского аудита.