В процессе своей деятельности департаменты центрального аппарата Банка России тесно взаимодействуют между собой. Так департамент пруденциального надзора является заказчиком ряда инспекционных проверок. Он же является и потребителем «продукции», которую производят работники департамента инспектирования. В свою очередь, на основании актов проведенных инспекционных проверок задача департамента пруденциального надзора заключается в том, чтобы сделать выводы о качестве представляемой коммерческими; банками отчетности. Департамент лицензирования кредитных организаций и аудиторских фирм совместно с подразделениями безопасности, эмиссионно-кассовой работы проводит отбор наиболее достойных претендентов на занятие высоких должностей в коммерческих банках. Сводно-экономический департамент и департамент пруденциального надзора взаимодействуют с департаментами инспектировании, департаментом валютного регулирования и департаментом валютного контроля при планировании мероприятий по предотвращению сбоев в деятельности коммерческих банков. Департамент по организации банковского санирования совместно с департаментом инспектирования осуществляет мероприятия по выводу коммерческого банка из состояния «старения».