Однако хотя Банк России является государственным банком, он независим в своей деятельности от Правительства. ЦБ РФ — юридическое лицо, не регистрируется в налоговых органах, осуществляет свои расходы за счет собственных доходов, не отвечает по обязательствам государства, а государство не отвечает по обязательствам банка. Нормативные акты, издаваемые ЦБР, обязательны для органов государственной власти РФ и ее субъектов, органов местного самоуправления, всех юридических и физических лиц. Проекты федеральных законов, нормативных актов федеральных органов исполнительной власти, касающихся выполнения функций Банка России, должны направляться на его заключение.
ЦБР подотчетен лишь Государственной Думе Федерального Собрания РФ. Государственная Дума по представлению Президента назначает сроком на четыре года Председателя и членов высшего органа Банка России — Совета директоров, рассматривает годовой отчет ЦБР и аудиторское заключение, определяет аудиторскую фирму для аудиторской проверки банка; заслушивает доклады Председателя о деятельности ЦБР дважды в год: при представлении годового отчета и основных направлений единой государственной денежно-кредитной политики.
В то же время ЦБ РФ тесно связан с Правительством. Он участвует в разработке экономической политики Правительства РФ. Председатель банка или один из его заместителей участвует в заседаниях Правительства РФ. Министр финансов и министр экономики или их заместители принимают участие в заседаниях Совета директоров Банка России с правом совещательного голоса. ЦБР и Правительство РФ информируют друг друга о предполагаемых действиях, имеющих общегосударственное значение, координируют свою политику, проводят регулярные консультации. В частности, ЦБР консультирует Министерство финансов РФ по вопросам графика выпуска государственных ценных бумаг и погашения государственного долга с учетом их воздействия на состояние банковской системы и приоритетов единой государственной денежно-кредитной политики.
При Банке России создан Национальный банковский совет, в который входят представители палат Федерального Собрания, Президента, Правительства РФ, Банка России, а также министр финансов и министр экономики, представители кредитных организаций и эксперты. Председателем Совета является Председатель ЦБ РФ. Национальный банковский совет регулярно рассматривает концепцию совершенствования банковской системы, проекты основных направлений единой государственной денежно-кредитной политики, политики валютного регулирования, наиболее важные вопросы регулирования деятельности кредитных организаций, осуществляет экспертизу проектов законодательных и иных нормативных актов в области банковского дела.
Банк России образует единую централизованную систему с вертикальной структурой управления. В систему Банка входят центральный аппарат, территориальные учреждения, расчетно-кассовые центры, вычислительные центры, полевые учреждения, учебные заведения и другие предприятия, учреждения и организации, в том числе подразделения безопасности, необходимые для осуществления деятельности ЦБР. Национальные банки республик являются территориальными учреждениями ЦБР. Территориальные учреждения банка не имеют статуса юридического лица и не имеют права принимать решения, носящие нормативный характер, а также выдавать гарантии и поручительства, вексельные и другие обязательства без разрешения Совета директоров.
Руководство и управление Банком России осуществляет его высший орган — Совет директоров. В этот коллегиальный орган входят Председатель ЦБР и 12 членов, работающих в Банке России на постоянной основе. Совет директоров разрабатывает во взаимодействии с Правительством основные направления единой государственной денежно-кредитной политики, устанавливает экономические нормативы и нормы обязательных резервов для кредитных организаций, принимает решения об изменении процентных ставок Банка России, определяет лимиты операций на открытом рынке, условия допуска иностранного капитала в банковскую систему России, объемы выпуска и изъятия наличных денег из обращения.
Федеральный закон «О Центральном банке Российской Федерации (Банке России)» определяет три основные цели его деятельности (ст. 3):
1) защита и обеспечение устойчивости рубля;