Провозглашение суверенитета Казахстана, переход к рыночным отношениям обусловили необходимость структурного реформирования экономики страны, в том числе и финансовой системы. Особое значение при этом имело построение принципиально новой платежной системы, отличающейся надежностью и высокой эффективностью. Основными целями реформы платежной системы РК являлись ускорение прохождения платежей между банками и их клиентами (на начало 90-х годов срок прохождения одного платежа составлял 3-12 дней), а также более широкое внедрение в обращение различных платежных инструментов (поручений, чеков, платежных требований). При построении современной платежной системы НБ РК был изучен опыт стран Европейского Союза, Восточной Европы, Балтики и стран СНГ.
Первым шагом реформирования платежной системы явился перевод в 1991 году счетов межфилиальных оборотов (МФО) коммерческих банков на корреспондентские счета, открытые в филиалах НБ РК, что позволило закрыть МФО, упорядочить организацию межбанковских расчетов и обеспечить исполнение кассового обслуживания коммерческих банков (Кредсоцбанк, Промстройбанк, Агропромбанк, Сберегательный банк).
В 1992 году открыты корреспондентские счета для национальных/центральных банков стран СНГ в целях осуществления торгово-экономических расчетов, также НБ РК были созданы расчетно-кассовые центры во всех районах, городах, городских районах областных центров.
В 1994 году впервые был осуществлен выпуск государственных казначейских обязательств Министерства финансов Республики Казахстан. В этом же году создан Центральный депозитарий государственных ценных бумаг.
Важным шагом было создание в 1995 году первой в Казахстане Алматинской клиринговой палаты (АКП), которая работала по методу многостороннего взаимозачёта. В том же 1995 году Национальным Банком была осуществлена выверка счетов и урегулирование со странами рублевой зоны остатков на корреспондентских счетах национальных банков, а также проведена подготовка соответствующих межгосударственных соглашений.
В 1996 году НБ был проведен ряд мероприятий по развитию платежных систем: создание региональных клиринговых; реорганизация Алматинской клиринговой палаты в РГП «Казахстанский центр межбанковских расчетов Национального Банка Республики Казахстан» (КЦМР), который и по настоящее время является оператором платежных систем.
Ключевым моментом, способствующим ускорению прохождения межбанковских платежей, стало создание в августе 1996 года на базе КЦМР системы крупных платежей, осуществляющей расчеты на валовой основе и имеющей характеристики перспективной системы валовых расчетов в режиме реального времени (RTGS – real time gross settlement system). За основу казахстанской системы крупных платежей был взят опыт Швейцарии, в частности, опыт построения системы SIC (Swiss Interbank Clearing). В короткие сроки система крупных платежей приобрела большую популярность благодаря электронному документообороту, не требующему бумажного подтверждения, быстроте и надежности переводов денег, а также высокому уровню безопасности.
1 августа 1999 года на территории РК была прекращена деятельность клиринговых палат при областных филиалах НБ. При этом было принято решение о построении в Казахстане клиринговой системы по типу американской автоматизированной клиринговой палаты (системы многостороннего взаимозачета встречных обязательств, работающей без предварительного депонирования средств с окончательным расчетом чистых позиций участников в валовой системе) – Системы межбанковского клиринга, которая успешно функционирует в настоящее время.
В июне 1998 года был принят Закон РК «О платежах и переводах денег», основополагающий документ, регулирующий вопросы осуществления платежей и переводов денег на территории Республики Казахстан, и начаты работы по разработке нормативной правовой базы НБ в данной области. [4]