Управление Фондом осуществляет председатель Фонда и его заместители, которые назначаются Правительством Российской Федерации. Председатель Фонда имеет пять заместителей, в том числе одного первого.
Председатель Фонда руководит деятельностью Фонда и несет персональную ответственность за выполнение возложенных на него задач; распределяет обязанности между заместителями председателя Фонда и руководителями структурных подразделений центрального аппарата Фонда; вносит проект бюджета Фонда на утверждение в Правительство Российской Федерации, а также после рассмотрения правлением утверждает бюджеты региональных и отраслевых органов Фонда; утверждает сводный финансовый отчет об использовании средств государственного социального страхования, рассматривает сводный отчет по финансово-хозяйственной деятельности подведомственных санаторно-курортных учреждений Фонда и вносит предложения по улучшению этой работы. информирует правление Фонда о состоянии расчетов с органами Фонда; разрабатывает совместно с Министерством труда и социального развития Российской Федерации, другими заинтересованными министерствами и ведомствами, профессиональными союзами предложения по совершенствованию системы социального страхования и обеспечению государственных гарантий по социальному страхованию; совместно с Министерством здравоохранения Российской Федерации утверждает инструкцию о порядке выдачи документов, удостоверяющих временную нетрудоспособность граждан, и устанавливает порядок осуществления контроля за организацией экспертизы временной нетрудоспособности, соблюдением правил выдачи документов, удостоверяющих временную нетрудоспособность граждан, в лечебно-профилактических учреждениях; с учетом мнения правления Фонда принимает решения о целесообразности создания или ликвидации центральных отраслевых отделений Фонда; открывает (закрывает) счета Фонда и его исполнительных органов в банках, принимает решения о списании с этих счетов в централизованный резерв платежей, подлежащих обязательному отчислению, и сверхнормативных остатков; с учетом мнения правления Фонда утверждает структуру и штатное расписание центрального аппарата Фонда, региональных центральных отраслевых отделений Фонда, сметы расходов (включая фонды оплаты труда и другие) и отчеты об их исполнении; руководит деятельностью региональных и центральных отраслевых отделений Фонда по исполнению доходной и расходной частей бюджета Фонда и обеспечивает контроль за использованием средств государственного социального страхования; определяет порядок работы подведомственных санаторно-курортных учреждений; рассматривает итоги исполнения бюджета Фонда и принимает меры по улучшению этой работы, утверждает годовые отчеты о деятельности региональных и центральных отраслевых отделений Фонда; принимает необходимые меры по результатам ревизий и проверок по расходованию средств Фонда его органами и подведомственными санаторно-курортными учреждениями; издает в пределах своей компетенции приказы, положения, инструкции и другие документы, обязательные для исполнения всеми работниками Фонда; рассматривает разногласия по вопросам формирования бюджета Фонда, штатов и смет между органами Фонда; представляет интересы Фонда во всех организациях, без доверенности действует от имени Фонда, в установленном порядке распоряжается средствами и имуществом Фонда, заключает договоры; осуществляет в соответствии с законодательством прием на работу и увольнение работников центрального аппарата Фонда, а также назначение на должность и освобождение от должности управляющих, заместителей управляющих региональных и центральных отраслевых отделений Фонда с учетом мнения соответственно глав исполнительной власти субъектов Федерации и общероссийских отраслевых профессиональных союзов; делегирует отдельные свои права и полномочия подчиненным ему должностным лицам; утверждает инструкцию о порядке приобретения, выдачи и учета страхователями путевок на санаторно-курортное лечение и отдых за счет средств социального страхования; ежегодно утверждает норматив расходов на санаторно-курортное обслуживание работников и их детей.
Правление Фонда является коллегиальным органом. Заседания правления проводятся по мере необходимости. Председатель Фонда является председателем правления Фонда. Решения правления Фонда оформляются Постановлениями или Приказами председателя Фонда.