2 июня 1903 года с высочайшего соизволения императора Николая II в Российской империи были введены Правила о вознаграждении потерпевших вследствие несчастных случаев рабочих и служащих, а равно членов их семейств в предприятиях фабрично-заводской, горной и горнозаводской промышленности. Этот день считается официальной датой рождения государственного социального страхования в России.
Первое послереволюционное положение о социальном обеспечении трудящихся было принято в 1918 году. Оно гарантировало обеспечение всех наемных работников независимо от характера труда пособиями при временной утрате заработка в связи с болезнью, беременностью и родами, увечьем. С 1922 года выплата пособий была передана непосредственно предприятиям в счет страховых взносов.
В 1929 году государственное социальное страхование обрело единый бюджет. А с 1931 года за счет соцстраховских средств начато финансирование санаторно-курортного лечения и отдыха в специализированных учреждениях (санатории, пансионаты, дома отдыха), а также финансирование детских оздоровительных лагерей. В лексиконе профсоюзных деятелей появляется понятие профилактики заболеваемости. Начато строительство советской санаторно-курортной фабрики здоровья. С 1933 года социальное страхование перешло под управление советских профсоюзов.
С 1 января 1991 года на основании Постановления Совета Министров РСФСР и Федерации независимых профсоюзов от 25 декабря 1990 года 600/9-3 «О совершенствовании управления и порядка финансирования расходов на социальное страхование трудящихся РСФСР» был образован внебюджетный Фонд социального страхования Российской Федерации. С 1993 года Фонд становится финансово-кредитным учреждением при Правительстве Российской Федерации.
До 1999 года Фонд имел центральные отраслевые отделения, т. е. его организационная структура строилась как по территориальному, так и по отраслевому принципам. В соответствии с Приказом по Фонду от 29 марта 1999 года центральные отраслевые отделения были упразднены, а их филиалы переподчинены региональным отделениям. В настоящее время организационная структура Фонда строится по территориальному принципу.
Ныне Фонд представляет собой специализированную структуру, обеспечивающую функционирование всей многоуровневой системы государственного социального страхования. Фонд финансирует выплату пособий по временной нетрудоспособности, по беременности и родам, при рождении ребенка и ежемесячного пособия до достижения ребенком возраста полутора лет, а также пособия на погребение умерших.
В 2000 году Фонд социального страхования начал выплаты по возмещению вреда пострадавшим на производстве в рамках обеспечения нового вида страхования, введенного Федеральным законом РФ от 24 июля 1998 года № 125-ФЗ «Об обязательном социальном страховании от несчастных случаев на производстве и профессиональных заболеваний»